国内临床研究显示，克林霉素磷酸酯阴道泡腾片不良反应包括念珠菌性阴道炎，念珠菌感染，皮肤瘙痒，实验室检查也出现血红蛋白，白细胞，中性粒细胞，血小板和肝肾功能的变化，但均无临床意义。
国外关于克林霉素磷酸酯栓的临床研究报道，589例患者使用克林霉素磷酸酯栓，不良反应率为10.5%，其中3例(0.5%)中断治疗。
不良反应包括：
①泌尿生殖系统：功能紊乱(3.4%)，阴道痛(1.9%)，念珠菌阴道炎(1.5%)。
②全身作用：真菌感染(1.0%)。
阴道炎自行塞药要注意塞药的时间、深度及清洁度等，才能达到理想的效果。
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